Ocupando um galpão de 1600 m2, a empresa possui áreas bem definidas para o Estoque de Alimentos, a Produção, a Armazenagem de Cestas e para os Produtos Impróprios para Consumo (Produtos Não-Conformes). A organização destas áreas é orientada pela Nutricionista, responsável técnica da NUTRIBASE, baseada no Manual de Boas Práticas desenvolvido e na Instrução Normativa nº 51 da Secretaria de Defesa do MAPA.

A área administrativa ocupa 03 andares, sendo subdividida em setores como: Recepção, Nutrição, Supervisão, Vendas, Financeiro, Faturamento, Compras, Logística, Diretoria e Presidência.